สมาคมเภสัชวิทยาแห่งประเทศไทยก่อตั้งขึ้นมาจากความร่วมมือร่วมใจของนักเภสัชวิทยาจากสถาบันต่างๆในรูปของชมรมเภสัชวิทยา โดยมีการจัดประชุมผู้ก่อตั้งครั้งแรกในวันที่ 19 ธันวาคม พ.ศ. 2520 ที่ภาควิชาเภสัชวิทยา คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล ผลจากการประชุมได้แต่งตั้งกรรมการ 2 ท่าน คือ รศ.นพ.บุญเจือ ธรณินทร์ เป็นหัวหน้ากลุ่มและทำหน้าที่ร่างระเบียบการต่างๆ และ รศ.ดร.จิรวัฒก์ สดาวงศ์วิวัฒน์ ดำเนินการจัดประชุมวิชาการและจัดตั้งชมรมเภสัชวิทยาแห่งประเทศไทยซึ่งจัดให้มีขึ้นในวันที่ 21 เมษายน 2521 โดย รศ.ดร.จิรวัฒก์ ได้รับเลือกจากการประชุมในครั้งนั้นให้ดำรงตำแหน่งประธานของชมรมประจำปี 2521-2522 รศ.นพ.บุญเจือ ดำรงตำแหน่งผู้รั้งตำแหน่งประธาน และ ภญ.ผศ.สดใส อัศววิไล ดำรงตำแหน่งเลขาธิการ ต่อมาชมรมฯได้รับการจดทะเบียนเป็นสมาคมฯ เมื่อวันที่ 2 เมษายน 2525 โดยมีวัตถุประสงค์ ดังนี้

1.เป็นศูนย์กลางการติดต่อระหว่างสมาชิกของสมาคมและระหว่างชมรมหรือสมาคมทางวิชาการอื่นๆทั้งในและต่างประเทศ

2.เพื่อเผยแพร่ความรู้ความก้าวหน้าทางวิชาการและสนับสนุนกิจกรรมต่างๆอันจะเป็นประโยช์ต่อสมาชิกและสังคมโดยส่วนรวม

3.เพื่อแลกเปลี่ยน ความรู้ ความคิดเห็น ระหว่างสมาชิกและช่วยเหลือซึ่งกันและกัน

4. กิจกรรมของสมาคมไม่เกี่ยวข้องกับการเมือง

ตลอดเวลาที่ผ่านมาสมาคมเภสัชวิทยาแห่งประเทศไทยได้จัดกิจกรรมทางวิชาการในรูปแบบต่างๆ เช่น การบรรยาย การประชุมวิชาการทั้งการประชุมประจำปี การประชุมระดับชาติและนานาชาติ การจัดทำวารสารเภสัชวิทยา การจัดอบรมฟื้นฟูวิชาการเภสัชวิทยา รวมทั้งการเป็นตัวแทนสมาชิกในการติดต่อกับองค์กรที่เกี่ยวข้องในระดับต่างๆ อาทิ การเข้าร่วมเป็นภาคีสมาชิกของสภาสมาคมวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย (สสวทท) ซึ่งเป็นองค์กรระดับประเทศที่ได้รับการสนับสนุนจากกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีและมีการประชุมร่วมกันเป็นประจำทุกเดือน ส่วนในระดับภูมิภาคสมาคมเภสัชวิทยาฯเป็นสมาชิกของ Southeast Asian Western Pacific- Regional Federation of Pharmacologists (SEAWP-RFP) ซึ่งสมาคมเภสัชวิทยาฯเคยได้รับเกียรติเป็นประเทศเจ้าภาพจัดการประชุมการวิชาการ ครั้งที่ 4 ของ SEAWP-RFP ในปี พ.ศ.2528 มาแล้วครั้งหนึ่ง และ ในปีพ.ศ.2554 สมาคมเภสัชวิทยาได้เป็นเจ้าภาพจัดการประชุม Executive Committee ของ SEAWP-RFP ณ Sasin International House จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ซึ่งสมาคมก็ได้เสนอตัวและได้รับเลือกให้เป็นเจ้าภาพจัดการประชุมวิชาการครั้งที่ 13 ของ SEAWP-RFP ในปีพ.ศ. 2559 โดยจะจัดที่กรุงเทพฯ นอกจากนั้นสมาคมเภสัชวิทยาฯยังเป็นสมาชิกของ International Union of Basic and Clinical Pharmacology (IUPHAR) ซึ่งเป็นองค์กรระดับนานาชาติ การติดต่อระหว่างสมาคมเภสัชวิทยาฯกับองค์กรต่างๆ ทั้งในและนอกประเทศเหล่านี้ก่อให้เกิดประโยชน์แก่สมาคมฯและสมาชิกของสมาคมฯในรูปแบบต่างๆ เช่น การให้ทุนสนับสนุน การจัดประชุมและการเข้าร่วมประชุมวิชาการระหว่างประเทศและการส่งเสริมความสัมพันธ์ระหว่างนักเภสัชวิทยาของไทยกับนักเภสัชวิทยาชาติอื่นๆ